这番论争不仅是学术问题，也是政治问题。—这关系到是否与西方罗马教会及天主教国家联合。而东西方教会长期的分裂及交恶，最终使保守派在这场斗争中占据上风。不过，还是有很多具有远见的拜占庭政治家看出，脱离西方基督教国家的援助，拜占庭注定无法长期生存。如果西方援助是以东正教会与天主教会共融为前提的，那么这也是不得不付出的代价。米哈伊尔八世为了对抗西方复辟拉丁帝国的计划，不惜于里昂大公会议上代表人民同意与罗马教会共融，但此举遭到了国内民众的普遍憎恨。面对民意汹汹，他的儿子安德罗尼库斯二世不得不推翻了父亲的决策。如今，土耳其人已在磨刀霍霍。与西方教会的共融迫在眉睫，这不仅是为了得到西方雇佣军，更重要的是要联合基督教国家，共同对抗东方的异教徒，而东正教世界是无力提供强大援助的。多瑙河流域及高加索地区诸王公实力有限且自身不保，俄国人自身问题成堆，鞭长莫及。不过，西方天主教国家真的会援助已经分裂的东方教会吗？他们是否会把土耳其人的入侵当作对拜占庭的“天谴”而袖手旁观？带着这些疑问，约翰五世皇帝于1369年启程前往教廷进行外交活动，并向教皇表示归顺之意。然而他谨慎地未将其臣民卷入其中，虽然他内心也幻想拜占庭人与他一道走向教会和解之路，然而在当时这是没有基础，注定会失败的。

米哈伊尔八世与约翰五世是政治家，而非神学家。对他们而言，与西方联合，政治上的裨益高于一切。然而对神学家来说，情况就很棘手了。早在基督教历史早期，东西方教会在礼拜方式、神学理念等方面就存在分歧。其中最尖锐的矛盾是关于圣灵如何产生以及对“和子说”（拉丁语“ Filioque”，相当于英语“and from the Son”）的态度，这也是1054年双方革除对方教籍的神学原因之一。1此外两大教会还存在许多较小的分歧。西方教会不承认东方教会新近通过的关于“上帝既是实体的，也是精神的”（Essence-Energies distinction）这一教义 。而东正教会同样对罗马教会关于“炼狱”的说法不敢苟同。圣餐仪式上所用面饼是否应当发酵成为双方争议的又一个焦点。对东方教会而言，西方教会采用无酵饼的做法似乎是师从犹太人，并且罔顾了发酵饼对圣灵的象征。与之类似，西方教会在圣餐中拒绝使用“求降圣灵文”（Epiclesis）也被认为是大不敬的，东正教会相信，缺乏这一道程序，将令面饼与葡萄酒的神圣性功亏一篑。对于普通信众如何兼领圣体圣血（Communion under both kinds）及在俗司铎（Secular priests）能否结婚，两大教派同样争执不休。不过，双方最大的分歧集中在教会管辖权限方面。罗马教宗是否在基督教会中享有居先权或至高地位？按照拜占庭传统，所有主教一律平等。无人（甚至包括圣彼得之传人，尽管其见解是受到尊重的）能够强迫他人接受教义。唯有大公会议（Oecumenical Council）有权对教义进行诠释。罗马人对基督教教义的增添令东正教徒大为震惊，不仅因为神学方面的理由，更重要的是，此举单方面地篡改了由大公会议通过的神圣教义。基于传统，东正教徒无法接受罗马的管理与训诫，它理应由五大宗主教]（Pentarchy of Patriarchs）共同行使，尽管罗马教宗地位崇高，他也无权僭越其余主教。拜占庭人笃信其传统与教规，不过，为了教会的和谐运转，他们也能在枝节问题上求同存异，这为与西方的和解提供了某种弹性。反倒是罗马天主教会，基于其天性，轻易不愿做出妥协。

拜占庭的学者们分裂了。相当一部分由于忠于自己的教派而无法认同与罗马联合。然而不少学者（尤其是哲学家），愿意接受罗马教廷的权威以使自己的才华得到发挥。基督教国家与基督教文明的和谐统一对他们而言是同等重要的。他们中的一些人曾游历意大利，并目睹了当地的活力与生机。他们也发现了，如果作为朋友身份到来的话，他们会受到意大利人何等的敬重。大约在1340年，德米图斯•西多内斯将托马斯•阿奎那（Thomas Aquinas，亦称为阿奎诺的托马斯）的著作翻译为希腊语。阿奎那的学说吸引了大批拜占庭学者，使后者意识到意大利的学术早已非吴下阿蒙。他们渴望与意大利的学术交流，而这一愿望也并未落空。越来越多的拜占庭学者在西方获得了职位与尊敬。融合拜占庭与意大利文化的想法，变得越发具有吸引力。考虑到罗马历史上的崇高地位以及当下意大利的繁荣，拜占庭人的某种妥协也未必是难以接受的吧？

然而，“联合派”的拥趸只限于部分政治家与知识分子，僧侣阶层大都表示强烈反对。他们较少受到与意大利学术交流的影响，而是醉心于自己的信仰与传统。拉丁帝国当年的严酷统治给他们留下了刻骨铭心的印记。僧侣们在民众当中宣传联合的种种恶果，甚至声称此举将遭致天谴。任何一位拜占庭皇帝试图与之对抗都是艰难的，何况还有相当一部分知识分子、神学家赞同僧侣们的观点，一部分政治人物也对西方的援助心存顾虑。

上述激烈的论争发生在一个大衰退的年代。尽管拥有优秀的学者，君士坦丁堡已然沦为了一座垂死的城市。12世纪时，首都及近郊人口多达百万之巨，而今只剩下不足10万。横跨博斯普鲁斯海峡的首都郊区大半也落入土耳其人之手。而金角湾的佩拉大区由热那亚人所控制。昔日君士坦丁堡附近市镇、修道院星罗密布，如今只剩下零落的一些村庄环绕在破败的教堂四周。拜占庭首都在极盛时期，城内各区分布着大量花园与公园，而今不仅一些居民区已经消失，花园也被菜地、果园所取代。14世纪中期到访的著名穆斯林旅行家伊本•巴图塔（Ibn Battuta）计算出城墙内共有13块小型居民区；西班牙旅行家克拉维约（Gonzalez de Clavijo）也曾对这座宏伟巨城的破败惊诧不已。稍后造访的贝特朗东（Bertrandon de la Broquière）]同样对城市的空旷惊骇莫名。佩德罗•塔法（Pedro Tafur， Pero Tafur）]于1437年谈到君士坦丁堡人口的凋零程度—很多居民区完全是一副乡村的景象，春天城市里盛开着大量野玫瑰，入夜后，夜莺在树林里欢唱。